As Juntas de Paróquia, enquanto elemento de divisão administrativa do território, surgem pela primeira vez com o Decreto n.º25, de 26 de novembro de 1830, emitido pelo Governo Liberal Provisório, no Palácio do Governo em Angra, nos Açores. Ordenava então a Junta de Regência, em nome da Rainha que, tal como se lê no seu artigo 1º, houvesse “em cada Paróquia uma Junta nomeada pelos vizinhos da Paróquia e encarregada de promover, e administrar todos os negócios, que forem de interesse puramente local”.
De muito difícil implementação, devido à situação de Guerra Civil que se vivia em Portugal, seriam pouco tempo depois extintas, em 1832, pelo artigo 29º do Decreto da Regência, de 16 de maio, desse ano.
Novamente integradas na divisão administrativa do território, pela Carta de Lei de 25 de abril de 1835, e mantendo-se inalteradas no Código Administrativo de 1836, a Carta de Lei de 29 de outubro de 1840, no seu artigo 1º, alínea 1 irá alterar o lugar de Presidente, atribuindo-o ao Pároco.
Grandes alterações foram efetuadas no Código Administrativo de 1842, onde as Juntas de Paróquia irão perder os poderes de administração pública, limitando-se à administração da fábrica da Igreja, dos bens da paróquia e à função de comissão de beneficência local.
Voltando com o Código Administrativo de 1870 a fazer parte da organização administrativa, ao Pároco é retirada a atribuição de Presidente, o mesmo se verificando no Código Administrativo de 1878, onde o mesmo só poderia tomar parte, tendo direito a voto, nas deliberações da junta, nos assuntos que dissessem respeito aos interesses eclesiásticos.
Já o Código Administrativo, promulgado pela Lei de 4 de maio de 1896, devolveu novamente ao Pároco a atribuição de Presidente.
Seria com a Lei n.º 621, de 23 de junho de 1916, que a nomenclatura atual de Junta de Freguesia passaria a ser adotada.
O Fundo Documental da Junta de Paróquia de Olhão reúne documentação desde 1872 até 1912. A destacar dois cadernos com as listas dos eleitores e elegíveis da Freguesia de Olhão, para os anos de 1895 e 1896.
Nota de realce também para os Livros de Atas da Junta de Paróquia de Olhão, com datas entre 1872 e 1914, que integram o Fundo Documental da Junta de Freguesia de Olhão, fazendo parte do espólio documental à guarda do Arquivo Municipal, e que complementam a documentação agora inventariada.